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Laboratório de Agregação de Valor ao Pescado - espaço que dispõe de equipamentos de cozinha industrial, utilizado em aulas práticas de processamento e agregação de valor ao pescado. Trabalha na transformação dos produtos in natura provenientes da aquicultura ou da pesca, em produtos mais elaborados e com maior valor comercial.

Laboratório de Algas Nocivas e Ficotoxinas (Laqua) – espaço utilizado em aulas práticas, projetos de pesquisa e extensão relacionadas analises da presença de toxinas e poluentes presentes em áreas de produção aquicola.

Laboratório de Carcinicultura - espaço utilizado em aulas práticas de cultivo de crustáceos, principalmente camarões marinhos e de água-doce, para fins ornamentais ou para consumo humano.

Laboratório de Microbiologia – espaço onde são cultivados microorganismos, principalmente microalgas e rotíferos utilizados na alimentação/nutrição de larvas recém eclodidas de peixes cultivados no campus.

Laboratório de Piscicultura – espaço utilizado em aulas práticas com reprodução, larvicultura, alimentação e crescimento de peixes ornamentais em baterias de aquários marinhos e de água-doce.

Laboratório de Qualidade de Água – espaço que dispõe de um fotômetro e de kits de analises que são utilizados na determinação e monitoramento das concentrações dos diferentes compostos presentes na água dos sistemas de cultivo (tanques e aquários), bem como em aulas práticas e projetos de pesquisa e extensão.

Laboratório de Zoologia (LabZoo) – espaço onde vem sendo construídas, organizadas e mantidas, coleções de exemplares (fixados em formol), amostras genéticas (conservadas em álcool e -20%) e fotos científicas (digitais) de diversas espécies de animais aquáticos, principalmente peixes marinhos, crustáceos e moluscos utilizados em aulas práticas dos cursos e também em projetos de pesquisa e extensão.

Parque Experimental de Aquicultura – espaço externo que dispõe de doze tanques de alvenaria e vários polietieno (montados conforme a necessidade), com instalações elétricas e hidráulicas, onde são realizadas aulas práticas de cultivo de organismos aquáticos, como peixes, camarões, tartarugas, algas, etc. Neste espaço também são desenvolvidos experimentos de aquaponia, produção de animais aquáticos associados com a produção de hortaliças.

Barco escola – sala de aula flutuante utilizada em aulas práticas e em projetos de pesquisa e extensão realizadas na foz do Rio Itajaí-Açu e na região costeira do litoral centro-norte catarinense. O barco escola é um catamarã, embarcação com dois cascos e dois motores diesel MWM, com 12 metros de comprimento e 6,5 metros de largura, que pode navegar com até 30 pessoas a bordo e está equipado, sistemas de radar, rádio VHF, ecosonda, plotter cartográfico com AIS e guincho hidráulico.

Embarcações de apoio - duas embarcações semi-rígidas (flutuadores infláveis e casco de fibra de vidro) com capacidade para até sete pessoas. Ambas estão equipadas com motores de popa de 60Hp, comandos de navegação, rádio VHF, GPS, ecosonda e bússola. Também estão disponíveis, duas embarcações menores, uma com casco de alumínio e outra com casco em fibra, que podem ser operadas com remos ou com motores de popa de 15 HP e de 5 HP respectivamente. As embarcações dispõem de carretas rodoviárias e são utilizadas nas aulas práticas e atividades de projetos de pesquisa e extensão realizadas em baías e estuários do litoral centro-norte catarinense.

Marinharia – espaço utilizado em aulas práticas e projetos de pesquisa e extensão, onde ficam armazenados equipamentos de aquicultura e pesca, como tanques-redes, aeradores de pás, flutuadores, poitas, âncoras, coletes salva-vidas, redes, puçás, saricos, cabos, linhas de pesca, etc.

Biblioteca do IFSC Campus Itajaí – o acervo de livros e periódicos relacionados à aquicultura pode ser considerado bem completo.